Le CIEQ encourage la diffusion des connaissances sur le Québec en étant maître d’œuvre de collections originales. Sa contribution majeure est la réalisation des Atlas historiques du Québec, une collection d’ouvrages thématiques dédiés à l’expérience historique de la société québécoise, et dirigée par Donald Fyson et Yvan Rousseau, les codirecteurs du Centre. Ces volumes prennent la forme de synthèses soutenues par l’illustration et la représentation cartographique. Plusieurs de ces ouvrages ont reçu des prix prestigieux.

La collection « Géographie historique », sous l’égide des codirecteurs, propose une série de volumes destinés à donner ses fondements à la géographie historique québécoise et à faire connaître l'expérience de l'espace québécois.

La collection « Cahiers du CIEQ », offerte sous la forme de publication électronique, diffuse des études et des ouvrages collectifs reflétant les activités et les préoccupations de recherche du Centre et se veut complémentaire aux autres collections du CIEQ. Foncièrement interdisciplinaire, elle accueille des contributions en provenance des grands domaines de recherche en sciences humaines et sociales.

Deux autres collections, entièrement réalisées par le CIEQ, complètent les publications. La collection
« Cheminements » présente les travaux en cours des équipes de recherche : réflexions théoriques, résultats préliminaires et textes produits dans le cadre d’ateliers scientifiques ou de colloques. La collection
« Cheminements – Conférences » réunit les textes de chercheurs qui, à l'occasion d'une conférence, d'un séminaire ou d'un atelier scientifique, contribuent de manière significative à la vie intellectuelle du Centre.